Полномочия областной избирательной комиссии завершились в связи с образованием нового субъекта РФ, поэтому октябрьские выборы в Законодательное собрание объединенного региона курировала временная избирательная комиссия (ВИК), которую возглавил руководивший облизбиркомом с 1997 года Виктор Игнатенко. Но во время предвыборной кампании штаб иркутского регионального отделения партии «Единая Россия» (ЕР) и глава ВИК не нашли общего языка. Если учесть, что список единороссов на выборах возглавлял в то время еще временно исполнявший обязанности губернатора Игорь Есиповский, а руководил ходом кампании его первый зам и бывший вице-губернатор Красноярского края Сергей Сокол, становится понятным, с кем вступил в конфликт Виктор Игнатенко. Неудивительно, что Иркутская область в сентябре-октябре 2008 года оказалась стабильным поставщиком политических скандалов.
Для начала часть тиража (несколько десятков тысяч) избирательных бюллетеней, отправлявшихся из типографии в комиссию, были похищены, и избиркому пришлось принять беспрецедентные меры защиты избирательной документации. Затем ВИК запретила проводить агитационный проект «Народный бюджет», придуманный в штабе ЕР. Его партия власти хотела провести в самый день голосования 12 октября. Избирателям хотели предложить еще один бюллетень с символикой ЕР, в котором они бы проголосовали за проекты, финансирующиеся по областным целевым программам. Опускать бумаги предлагалось в особые урны, раскрашенные в партийные цвета ЕР. Но ряд оппозиционных партий и кандидатов по одномандатным округам пожаловались, что наличие урн «Народного бюджета» возле избирательных участков в день выборов увеличивает количество голосов у одномандатников-единороссов, и потребовали прекратить акцию. Накануне дня голосования в телевизионном выступлении Виктор Игнатенко признал акцию противоречащей основам избирательного законодательства. В итоге весь следующий день почти 300 студентов, одетых в майки с логотипом ЕР и задержанных с урнами «Народного бюджета» возле избирательных участков, провели в камерах предварительного заключения.
Но наиболее серьезный конфликт между областным штабом ЕР и руководителем ВИК разгорелся по итогам голосования на одномандатном округе №15, где против единоросса Гавриила Франтенко выдвинулся его однопартиец Сергей Шишкин, впоследствии исключенный из партии власти за нарушение партийной дисциплины. После подсчета голосов проигравший было выборы Шишкин выразил несогласие с итогами, а Виктор Игнатенко его поддержал, убедив членов территориальной избирательной комиссии признать недействительными результаты голосования на трех участках, где урны были вскрыты без свидетелей и согласования с руководителем ВИК. После пересчета голосов депутатом Заксобрания стал Сергей Шишкин. И это решение комиссии представители областного штаба ЕР не смогли оспорить даже в судебном порядке.
ЦИК России не сумел предъявить претензии к «правовой позиции иркутской комиссии». Но, очевидно, столь жесткое поведение председателя ВИК, поставившего во главу угла далеко не партийные интересы, должно было каким-то образом быть наказанным. И для увольнения Игнатенко в ЦИК придумали интересный повод. Сославшись на проявившуюся во время выборной кампании «политическую волю» Игнатенко в борьбе со штабом единороссов, Владимир Чуров заявил, что «горячо поддерживает политическое или судебное» развитие карьеры профессора Игнатенко. Хотя сам Виктор Игнатенко в письме своему начальству прямо указывал, что не мыслит «себя вне работы в избирательной системе».
Правда, ЦИК не пошел на поводу и у только что назначенного губернатором Игоря Есиповского — предложенная им кандидатура Анатолия Тимофеева даже не была включена в список для голосования. Дело в том, что в биографии претендента членов ЦИКа смутила специализация его бизнеса (коллегия адвокатов «Тимофеев и партнеры») — предоставление услуг зарубежным гражданам и компаниям. Для сохранения баланса интересов ЦИК рекомендовал губернатору Иркутской области ввести в состав комиссии компромиссную фигуру — заместителя облизбиркома Людмилу Шавенкову. Сам же Виктор Игнатенко сможет войти в состав комиссии по партийной квоте «Справедливой России» (если это решение одобрит партийное руководство) или «Единой России» (заявление от Виктора Игнатенко пока не рассматривалось на президиуме партии). Такая конфигурация, по мнению местных экспертов, будет отвечать интересам как аппарата президента, так и партии «Единая Россия».
