Министр был убит довольно необычным способом: когда его автомобиль выезжал с улицы Воровского, где расположен дом Гусаева, на оживленный проспект Акушинского, к машине подбежал молодой человек и положил на крышу магнитную бомбу. Взрыв раздался через несколько секунд - Магомедсалих Гусаев погиб на месте. Его водитель отделался легкими ранениями. Подобным же образом в 1999 году был убит депутат Законодательного собрания Санкт-Петербурга Виктор Новоселов - как полагают, в ходе криминальных разборок. Убийство же дагестанского министра носит ярко выраженный политический характер. Магомедсалих Гусаев был активным противником пропаганды, развязанной идеологом Ичкерии Мовлади Удуговым (во время вторжения банд Басаева и Хаттаба в Дагестан в 1999 году). За активную поддержку федеральных властей во время тех драматических событий Гусаев, как и председатель Государственного совета республики Магомедали Магомедов и президент России Владимир Путин, был приговорен к смерти так называемой шурой народов Дагестана и Чечни. Кроме того, побывав добровольным заложником боевиков во время их выхода из Кизляра в 1996 году, Магомедсалих Гусаев выступил как один из ключевых свидетелей на судебном процессе над Салманом Радуевым.
Два года назад на министра уже было совершено покушение - заказчики и исполнители найдены не были. Покушение это было названо "странным" и расценено как предупреждение - то ли со стороны политических противников (накануне предстоящих в Дагестане выборов), то ли со стороны хаттабовцев. Примерно за неделю до того был "предупрежден" и председатель Народного собрания Муху Алиев: сотрудник службы безопасности правительства случайно обнаружил привязанный к дереву гранатомет, направленный на окна квартиры Алиева. Теперь же "силы сопротивления" от предупреждений властям Дагестана (готовящимся к первым в республике президентским выборам, намеченным на 2006 год) переходят к действиям. По словам Муху Алиева, существует целый "расстрельный список", в котором - фамилии всех сколько-нибудь влиятельных людей Дагестана. За последние два года список этот существенно поубавился: жертвами террористов стали вице-спикер Народного собрания, министр финансов, вице-мэр Махачкалы, депутат, начальник управления по борьбе с экстремизмом и уголовным терроризмом МВД республики и несколько оперативников этого подразделения. Недавно убит также бывший депутат Госдумы России Надиршах Хачилаев, который в последнее время занимался созданием общественной организации "Мусульмане против терроризма".
