Возникновение Валаамского монастыря относится к времени христианского просвещения Руси. Когда жившие в Приладожье финно-угры и славяне готовились принять христианство, острова представляли собой единый языческий жертвенник. Святой Андрей Первозванный, просвещая скифские и славянские земли, разрушил языческие капища и воздвиг каменный крест. Житие Преподобного Авраамия сообщает, что сразу же после крещения Руси на Валааме был организован монастырь с игуменским управлением. На рубеже XV-XVI веков монастырь именовался "великою Лаврою", изобиловал "духовными сокровищами и внешними благами". Ему принадлежали 12 скитов, 1919 дворов, соляные варницы, пасеки. Однако в дальнейшем монастырь утратил свое влияние. Более века - с 1611 по 1715 годы - продлился период полного запустения. Лишь в 1715 году, с Указом Петра I, началось восстановление обители. В 1821 году монастырь был произведен в первый класс с обеспечением финансирования из государственной казны. В монастыре была выстроена каменная гостиница для паломников и приезжих, действующая до сих пор.
Расцвет Валаамской обители приходится на XIX век, когда монастырем управлял игумен Дамаскин (1794-1881). Дамаскин основал ряд скитов и приобрел в 1866 году в вечную собственность монастыря ряд отдаленных островов, на которых построили другие скиты. Валаам стал местом паломничества тысяч верующих.
В 1914 году из-за начала первой мировой войны и призыва 600 насельников на войну началось постепенное закрытие скитов. В 1917 году, после того, как Финляндия получила независимость, Валаам оказался на ее территории. Одним из самых трудных для монастыря стал 1918 год: голод, конфискация финскими войсками монастырского имущества. С ноября 1918 года монастырь находился в ведении финляндской Православной Церкви. К 1925 году в обители осталось около 400 человек.
Тяжкие испытания Валаам претерпел во время советско-финской войны. В 1939 году монастырь подвергался бомбардировкам. По распоряжению военного коменданта началась эвакуация братства вглубь Финляндии. В марте 1940 года опустевший Валаам был передан советскому командованию. Многие иконы были сожжены, в нижней церкви, лишенной иконостаса, выкрашенной красной краской, был устроен солдатский клуб, осквернена Пещера Гроба Господня в Воскресенском скиту.
Уже через год остров вновь был возвращен Финляндии, а в 1944 году снова отдан СССР. С тех пор монашеская жизнь на острове прекратилась вплоть до 30 ноября 1989 года. В настоящее время в обители действуют два скита: Всехсвятский и Никольский. Возобновлены скиты Предтеченский и Гефсиманский.