Энергореформа, проводимая РАО "ЕЭС России" в Западной Сибири, в течение последних двух лет не раз сталкивалась с проблемами и отставала от процесса реформирования в других регионах России. Первоначально совет директоров РАО в апреле 2004 года утвердил создание ТГК 11 и ТГК 12, которые поделили бы между собой мощности "Кузбассэнерго". Но против этой идеи выступили губернатор Кемеровской области Аман Тулеев и Сибирская угольная энергетическая компания, владеющая 40-процентным пакетом акций "Кузбассэнерго".

В сентябре 2004 года РАО ЕЭС предоставило кемеровчанам отсрочку для подготовки новой программы реформирования энергокомпании. Новый вариант предполагал прописку ТГК 12 в Кемеровской области, но он, в свою очередь, не устроил представителей Алтайского края. Несколько месяцев назад экономисты и Союз промышленников Алтая обратились к губернатору Александру Карлину с требованием не допустить перехода барнаульских ТЭЦ под контроль компании, прописанной в Кемеровской области. Свою просьбу они мотивировали тем, что такой вариант реформы приведет к потере управляемости алтайской генерацией и снижению энергетической безопасности региона.

Несмотря на эти протесты, 23 декабря 2005 года совет директоров РАО "ЕЭС России" одобрил проект формирования ТГК-12, который, по мнению промышленников, ущемлял интересы Алтайского края. Но спустя четыре дня глава РАО ЕЭС Анатолий Чубайс, Александр Карлин и генеральный директор компании "Алтайэнерго" Юрий Касьянов подписали новое соглашение: ТГК-12 будет прописана в Барнауле. В "Кузбассэнерго" такой поворот событий восприняли скептически, предположив, что алтайскую прописку ТГК-12 получит временно, а затем так или иначе войдет в состав будущей компании наряду с остальными активами "Кузбассэнерго".

Сейчас проект реформирования двух сибирских компаний предполагает, что генерирующая компания будет создана из активов "Кузбассэнерго" и трех ТЭЦ "Алтайэнерго", расположенных в Барнауле. Не попадут в ТГК-12 Западно-Сибирская ТЭЦ и  Южно-Кузбасская ГРЭС. По решению Федеральной антимонопольной службы эти генерирующие мощности будут проданы компанией "Кузбассэнерго", а вырученные средства (около 3 млрд рублей) пойдут на приобретение укрупненной генерирующей компанией трех барнаульских ТЭЦ в собственность.

В рамках обособления сбытовой деятельности АО-энерго РАО "ЕЭС России" учредит стопроцентное дочернее общество "Алтайэнергосбыт", которое в дальнейшем приобретет сбытовые активы "Алтайэнерго". После этого планируется отчуждение акций "Алтайэнергосбыта", принадлежащих РАО ЕЭС,  в пользу акционеров "Алтайэнерго". При этом подписанное трехстороннее соглашение предусматривает право администрации Алтайского края выкупить блокирующий пакет акций компании "Алтайэнергосбыт" 25% плюс одна акция. Уставный капитал этого общества будет равен 30 млн рублей. Завершить реформу в двух сибирских регионах РАО ЕЭС планирует в течение ближайших двух лет.