Рейтинг 100 крупнейших компаний Томской области составлен аналитической службой журнала «Эксперт-Сибирь» на основе методики, разработанной рейтинговым агентством «Эксперт РА». В рейтинг включались компании промышленных и непромышленных отраслей. Место в рейтинге определялось путем ранжирования по объему реализации продукции (работ, услуг) в 2005 году. Под этим термином понимается объем выручки от продажи продукции (товаров, работ, услуг) для занятых в сфере промышленности, АПК, телекоммуникаций, транспорта, розничной торговли, жилищно-коммунального хозяйства, строительства.
С 2006 года в основной список рейтинга включаются компании, чей головной офис и основные производственные мощности находятся на территории сибирского региона, а также структурные подразделения общероссийских холдингов на территории Томской области.
Источниками информации при составлении рейтинга послужили данные, полученные от Федеральной службы государственной статистики, а также опубликованные компаниями в открытых источниках.
При пересчете выручки компании в 2005 году в другую валюту использовался средневзвешенный курс доллара (28,3 рубля за доллар США). При пересчете выручки компании в 2004 году — средневзвешенный курс доллара (28,82 рубля за доллар США).
При прочих равных условиях приоритет отдавался данным отчетности, подготовленной в соответствии с МСФО или GAAP развитых стран, а в случае, когда компания такую отчетность представить не смогла, — анкетным данным компаний.