В структуру ВЕФК входят 10 кредитных организаций: ОАО «Банк ВЕФК», ОАО «Инкасбанк», ОАО КБ «Петро-Аэро-Банк», ЗАО «Рускобанк», ОАО «Выборг-банк», ОАО «Уральский Трастовый Банк», ОАО Банк «РОСТ», ЗАО «Банк ВЕФК-Урал», АО «Банк ВЕФК Баня Лука» и ЗАО «Новосибирсквнешторгбанк».
Филиальная сеть корпорации насчитывает свыше 250 банковских подразделений на территории Российской Федерации, включая Москву и Московскую область, Санкт-Петербург и Ленинградскую область, Архангельск, Великий Новгород, Воронеж, Калининград, Кострому, Нальчик, Новосибирск, Нижний Новгород, Петрозаводск, Псков, Ростов-на-Дону, Удмуртию.
ЗАО «Новосибирсквнешторгбанк» стал четвертым российским банком, вошедшим в состав Восточно-Европейской Финансовой Корпорации в 2006–2007 годах. В 2006-м в структуру корпорации вошли «МДМ-Банк СПб» (сейчас — «Банк ВЕФК»), Банк «РОСТ» и «МДМ-Банк Урал» (сейчас — «Банк ВЕФК-Урал»). Кроме того, в начале 2007 года акционеры ВЕФК выступили учредителями АО «Банк ВЕФК Баня Лука» (Республика Сербская, Босния и Герцеговина).