Западно-Сибирская железная дорога (ЗСЖД) проходит по территории пяти регионов — Омской, Новосибирской, Кемеровской, Томской областей и Алтайского края. Последние десять лет совместная работа администраций и Западно-Сибирской магистрали строится на основе соглашений о взаимодействии и сотрудничестве. Если в первые годы они носили декларативный, рамочный характер, то в последнее время это документы, в которых прописано решение широкого круга задач, поставлены конкретные планы взаимодействия регионов и дороги.

В разделах соглашений большое внимание уделено организации пассажир­ских перевозок в пригородном сообщении. Пригородные перевозки на всех территориях полигона Западно-Сибирской железной дороги осуществляются четырьмя пассажирскими пригородными компаниями, учредителями которых, наряду с ОАО «РЖД», стали администрации этих образований. Этот факт сыграл определяющую роль при организации и последующей работе компаний. Руководители регионов с каждым годом все внимательнее относятся к проблемам компаний, поддерживают их в решении вопросов развития пригородного сообщения в регионах. Изменился стереотип, когда осуществление пригородных перевозок являлось прерогативой только железнодорожников.

Главное направление всех преобразований — устойчивая безубыточная деятельность с передачей функций заказчика пригородных перевозок администрациям регионов Сибири. Такая форма работы пригородных перевозчиков полностью соответствует тенденциям развития этой важной сферы общественной жизни развитых европейских стран.
Создание подобных структур отвечает интересам и местных властей, которые теперь в состоянии самым непосредственным образом участвовать в развитии пригородного пассажирского комплекса в своих регионах, и интересам ОАО «РЖД».

Впервые на сети железных дорог России компании «Экспресс-пригород» (Новосибирская область) в 2003 году удалось выйти на безубыточный финансовый результат, в 2004 году это сделал и «Омск-пригород» (Омская область), в 2005 году к числу стабильных безубыточных компаний присоединились ОАО «Алтай-пригород» (Алтайский край) и ОАО «Кузбасс-пригород» (Кемеровская область). Но уже 2006 год «Кузбасс-пригород» завершил с убытками в 86 млн рублей. Основной причиной оказалась неспособность администрации Кемеровской области обеспечить финансирование огромного количества имеющихся социальных маршрутов ввиду дефицитности бюджета.

Пригородные перевозки были и остаются в первую очередь социально значимыми, поэтому местные власти в целях сдерживания роста тарифов компенсируют пригородным компаниям убытки, которые те несут, перевозя пассажиров по тарифам ниже себестоимости. В соответствии с Постановлением РФ № 239, принятым еще в 1995 году, субъектам РФ дано право вводить на территории субъекта РФ государственное регулирование тарифов на пригородные перевозки железнодорожным транспортом. Этим правом воспользовались Кемеровская, Омская области и Алтайский край — сегодня они компенсируют разницу между себестоимостью и установленными тарифами.

При работе с регионами дорога значительное внимание уделяет развитию инфра­структуры пригородного хозяй­ства. Например, реализованный совместно с мэрией Новосибирска и администрацией Новосибирской области проект «Городская железная дорога», позволил горожанам существенно облегчить возможности передвижения внутри города, разгрузить центральные городские автомагистрали. Построены два новых остановочных пункта: Гагаринская и Плехановская, только в 2008 году через Гагаринскую прошло около 700 тыс. пассажиров, а через Плехановскую — более 240 тыс.

Сегодня доля пригородного железнодорожного транспорта на рынке перевозок Новосибирской области составляет более 57%. За 2008 год услугами пригородных электропоездов воспользовались более 34 млн человек, из которых около 10 млн — пассажиры льготных категорий. Это почти 95 тыс. пассажиров ежедневно.

Другим успешным совместным проектом Западно-Сибирской железной дороги, пригородных компаний и администраций регионов стала организация ускоренного железнодорожного сообщения между областными центрами. На маршрутах курсируют электропоезда повышенной комфортности, в приобретении которых принимали участие как ОАО «РЖД», так и администрации субъектов РФ. Сегодня областные центры — Новосибирск, Барнаул, Кемерово, Омск и Томск — соединены маршрутами ускоренных электропоездов, а Омск, кроме этого, с Тюменью и Петропавловском (Казахстан). Такой вид межобластных перевозок доказал свою востребованность среди пассажиров и экономическую эффективность.

В Новосибирске и Кемерове при непосредственном участии в финансировании областными администрациями были открыты детские железные дороги, которые, кроме культурной, выполняют и образовательную функцию: это центры по обучению школьников старших классов железнодорожным специальностям.

ЗСЖД и региональные власти совместно работают над инвестиционными проектами по строительству и реконструкции объектов инфраструктуры железнодорожного транспорта. В Омске реконструирован железнодорожный вокзал на станции Омск-Пассажирский, также в Омске и Новосибирске построены новые пригородные вокзалы. В Новосибирской области сооружен вокзал на станции Озеро Карачинское. В Кемеров­ской области появились вокзалы в Таштаголе и Осинниках, пешеходный мост в Междуреченске. В Томске реконструирован вокзал на станции Томск-1.

Сотрудничество с региональными властями не ограничивается только строительством объектов железнодорожной инфраструктуры. Так, в 2009 году будет сдан в эксплуатацию ледовый спортивный комплекс «Локомотив» в Первомай­ском районе — совместный проект ЗСЖД, мэрии Новосибирска и администрации Новосибирской области.